甘蔗种质与遗传育种重点实验室包括：分子与细胞实验室、植物病理实验室、生理生化实验室、植物营养与土壤实验室、品质分析实验室、植物组织培养实验室。

   主要设施：甘蔗种质实验楼、科研网室、杂交温室、亲本温室、光周期室以及甘蔗种苗脱毒车间等；

    主要仪器：磷屏成像系统、染色体图像分析及处理系统、高级酶标仪、多功能型PCR仪、光合测定系统、原子吸收分光光度计、全自动糖度分析系统等在内的100余台先进仪器设备。